У процесі експлуатації несправності в коробці передач виникають найчастіше від перевантажень, грубого, силового перемикання передач, проблем з трансмісійною рідиною, нерідкі випадки пошкодження деталей після самостійного ремонту коробки, коли припускаються помилок при її збиранні та регулюванні.
Ознаками порушення роботи механізму перемикання можуть бути: Неправильне включення передач.
Шум, що виникає від тертя муфти перемикання об одну з шестерень, при нейтральному положенні важеля перемикання передач і двигуні, що працює. Шум зникає при вимкненні зчеплення або під час руху.
При експлуатації автомобіля в коробці можуть виникнути наступні несправності: знос шестерень і підшипників, поломка зубів шестерень (при цих несправностях в коробці чути шум). Швидке зношування шестерень може бути викликане недостатньою кількістю масла або повною його відсутністю в коробці передач. Поломку шестерень найчастіше можна викликати необережним перемиканням передач (якщо під час руху з великою швидкістю включити першу передачу і швидко відпустити педаль зчеплення).
